镇江经济开发区法院设有8个内设机构，其中审判业务部门5个，综合业务部门1个，行政管理部门2个。

　　  1.立案庭（诉讼服务中心）

　　  主要职能：负责诉讼分流、立案登记、诉讼服务、诉调对接、涉诉信访、司法鉴定等工作；负责小额速裁案件和部分简易程序案件审理工作；负责管辖案件审理等工作。

　　  2.刑事审判庭

　　  主要职能：负责本院管辖的第一审刑事诉讼案件审理工作。

　　  3.民事审判庭（少年及家事审判庭）

　　  主要职能：负责本院管辖的第一审民事、少年及家事诉讼案件审理工作和执行裁判工作。

　　  4.行政审判庭（知识产权审判庭）

　　  主要职能：负责本院管辖的第一审行政、知识产权、商事、破产等诉讼案件审理工作。

　　  5.执行局（执行指挥中心）

　　  主要职能：负责执行本院一审生效法律文书及法律、司法解释规定应当由本院执行的其他生效法律文书；负责执行本院作出的财产保全、证据保全额先予执行裁定；负责执行上级法院交办与执行工作有关的其他任务等。

　　  6.审判管理办公室（审判监督庭、研究室）

　　  主要职能：负责再审申请案件审查和依审判监督程序审理的案件；负责案件治理与流程管理、司法统计与审判态势分析，以及审判委员会日常事务的相关协调工作；负责司法调研、综合文稿、人民陪审员参审事务管理等工作。

　　  7.政治部（督察室）

　　  主要职能：负责法院人员思想政治工作、新闻宣传工作、法院人员业绩考评、机构编制、组织人事管理工作、人民陪审员人员管理和培训工作。督察室履行内部监督职责。指定专人负责司法巡查、审务监督等法院内部监督工作。

　　  8、综合办公室

　　  主要职能：负责处理文秘、机要保密、印鉴使用管理和档案管理、重要事项督办，有关会务与接待事务，人大代表议案、政协委员提案交办督促等工作；负责本院物资装备管理、审判法庭建设、信息化建设、诉讼费管理和财务等工作。

　　  保留司法警察大队，作为镇江经济开发区人民法院直属行政机构。

　　  保留镇江经济开发区人民法院丁卯人民法庭、平昌人民法庭，作为基层人民法院派出法庭。